通常の絹ごし豆腐は、豆乳が熱いうちに凝固剤を加えて固め、決められた大きさに切って作ります。

充填豆腐（充填絹ごし豆腐）は、冷やした豆乳に凝固剤を加え、容器に充填して密閉し、これを加熱して凝固させるという方法で作られます。

木綿豆腐は、一旦固めたものを崩して型入れし、余分な水分を抜きつつ成型、カットして作られますが、充填豆腐の製法では、この水分を抜く圧搾が出来ないため、充填木綿豆腐は作れないんだとか。充填豆腐には、つるんとしてやわらかいものが多いのは、そのためなんですね。

また充填豆腐は、容器に詰めてから加熱殺菌されるため、細菌が侵入する心配が少なく、一般の豆腐よりも保存できる期間が長いのも、特徴のひとつです。