微生物が作用して起こる、発酵と腐敗。一般に発酵は、糖質が分解され、有機酸（乳酸、酢酸など）やアルコールなどが生成されること。腐敗は、タンパク質やアミノ酸が分解され、アンモニアなどを生成することとされます。

しかし例外も多く、本来ははっきり分けられるものではありません。あえて区別するなら、食品として望ましい変化であるか、望ましくないかという違いになります。

放置しておけば腐敗する食品も、塩漬けや乾燥など、食品と微生物にとって好条件の環境下に置くことで、発酵が進みます。発酵する事で特有の風味を作り出すほか、保存性が高まったり、消化吸収も良くなります。

代表的な発酵食品に、味噌や醤油、納豆、漬物、ヨーグルトにチーズ、パン、清酒などのアルコール類があります。

しかし、発酵食品であっても、悪い環境に置いてしまえば腐敗につながってしまうので、適した環境で保存することが大切です。